Berikut adalah daftar penghargaan yang diperoleh oleh Balai Riset Perikanan Laut
(berurutan waktu dari awal sampai dengan yang terbaru)
Peraih Nilai IKPA Terbaik Pertama Tahun 2022 Kategori Pagu Kecil, dari KPPN Jakarta VI - Kementerian Keuangan (Januari 2023).
Satuan Kerja dengan Kategori AA (Sangat Memuaskan) Pengawasan Kearsipan Internal Lingkup Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan Tahun 2022, dari Kepala BRSDM KP (Juni 2023).
Penghargaan Satuan Kerja dengan setoran PNBP fungsional tanpa target Terbesar Tahun Anggaran 2023, dari Kepala Pusat Perikanan KKP (Desember 2023).
Peringkat Pertama - Laporan Pertanggungjawaban (LPJ) Bendahara Pengeluaran Tahun Anggaran 2023, dari KPPN Jakarta VI - Kementerian Keuangan (Februari 2024).
Penghargaan atas Peran Serta dalam Penyelamatan dan Pelestarian Arsip yang Bernilai Guna & Pertanggungjawaban Nasioal bagi Kehidupan Bermasyarakat, Berbangsa dan Bernegara, dari Sekretaris Jenderal Kementerian Kelautan dan Perikanan (Juni 2024).
Terbaik 1 - Pengetahuan Paling Populer Tahun 2024 dengan judul "Mengenal Pulau Kongsi, salah satu pulau milik KKP di Kepulauan Seribu DKI Jakarta", dari Kepala Pusat Data, Statistik, dan Informasi KKP (Februari 2025).
